O Rio Amazonas é navegável durante o ano todo com restrições somente no período da seca, nos meses de setembro a dezembro, também poderá encontrar trechos de pouca visibilidade em função das queimadas, fortes chuvas e nevoeiros. No período da subida do rio há algumas limitações.

Faz divisa entre os Estados do Amazonas e Pará, banha parte do Estado Pará e deságua no Rio Amazonas na altura da cidade de Santarém, Estado do Pará. Este trecho e considerado como baixo Tapajós, corresponde ao trecho entre Santarém (PA) e Itaituba (PA). Este trecho é francamente navegável, sem maiores dificuldades, o ano todo, com profundidades mínimas de 2,5 metros e declividade média de 4 cm/km, e apresenta grande número de ilhas fluviais.

O Rio Xingu inicia-se em um curso largo, neste trecho, recebe, pela direita, as águas do rio Bacajá, o baixo Xingu. Neste trajeto é possível encontrar forte correnteza com pedras e praias.

O Rio Pará separa costa leste, sudeste e sul da Ilha do Marajó do continente, tem uma largura considerável, havendo trechos em que a tripulação, situada no meio do rio, não avista suas margens. Comunica-se com o rio Amazonas através de canais denominados estreitos e furos.

Da ilha do Mosqueiro à Ilha Carnapijó, o rio Pará e muito largo, com 9 milhas náuticas de extensão entre suas margens, formando a Baía do Marajó. Deve-se evitar as proximidades das pedras. Quando sopra vento forte, o rio fica encarneirado, oferecendo perigo às embarcações de pequeno e grande porte. Recomenda-se que a navegação nas baías do Marajó e de Marapatá seja feita com cautela, especialmente no período de setembro a maio devido aos fortes ventos que acontecem na região. O comboio deve optar por realizar as travessias nas primeiras horas do dia e, antes de iniciar a viagem, conhecer as previsões das condições de tempo.

O Rio Solimões é navegável durante todo o ano, havendo restrições somente na seca, que é dos meses de agosto a dezembro. Durante todo o ano possui baixa visibilidade devido às fortes chuvas e nevoeiros, que ocorrem pela manhã, e também às alterações dos canais devido ao leito do rio mudar frequentemente de um ano para o outro por causa do deslocamento dos bancos de areia.

O Rio Madeira, apesar de ser navegável até Porto Velho em qualquer época do ano, há forte correnteza, madeiras boiando nas margens, pedras que afloram na seca e muitos troncos e lixo em seu leito na cheia. Já nos meses de setembro e outubro, onde a seca é extrema, aparecem bancos de areia que mudam de posição por ocasião das enchentes. A lâmina esperada é de 1,7 metros. Existe também o fenômeno do “repiquete”, geralmente nos meses de outubro e novembro, quando há variação no nível de aproximadamente 3 metros. A variação das cheias e das águas rasas é de 15 metros.

Nesse trecho, com extensão de 237 milhas náuticas, o rio varia a sua largura de 700m a 4.000m. Ocorrem marcantes variações de profundidade e encontram-se grandes praias e ilhas de areia grossa que mudam constantemente de posição. O canal navegável é muito sinuoso. Dependendo do nível das águas, pode ocorrer a mudança do canal navegável e trechos antes navegáveis encontram-se fechados no ano seguinte. Os desmoronamentos são frequentes, fornecendo assim material que, não podendo ser transportado pela correnteza, assoreia o fundo do rio, formando bancos e ilhas que podem obstruir o canal navegável. O fundo é de areia e rochas. As águas são barrentas, apresentando coloração clara, sendo boa para aguada.

O período de enchente nesse trecho de rio vai de maio a agosto e de vazante de setembro a março, podendo-se considerar abril como o mês de transição, sendo observadas profundidades variadas de 5,00m a 2,0m. Os “repiquetes” ocorrem de junho a agosto, com uma variação de até 3,0m em Caracaraí.